W 2006 roku uczelnie reprezentowane w Kolegium Rektorów Szkół Wyższych Krakowa podjęły nową inicjatywę organizowania w Krakowie DNI JANA PAWŁA II.
Jest to przedsięwzięcie o charakterze naukowym, popularyzującym i kulturalnym. DNI JANA PAWŁA II mają inspirować badania naukowe i popularyzować dziedzictwo, jakie pozostawił po sobie Papież – nasz rodak. Pierwsza edycja DNI JANA PAWŁA II odbyła się w 2006 roku pod hasłem Wielowymiarowość Prawdy. W kolejnym roku – 2007 wiodącym tematem uroczystości było Dobro, a w roku ubiegłym – 2008 – Piękno.
Tegoroczna edycja pod hasłem Wiara i Nauka odbędzie się w dniach od 4 do 6 listopada. Za przygotowanie i organizację DNI JANA PAWŁA II 2009 odpowiedzialny jest Uniwersytet Jagielloński. Patronat honorowy nad DNIAMI JANA PAWŁA II obejmą: Metropolita Krakowski JE Kardynał Stanisław Dziwisz, JE Kardynał Franciszek Macharski, Prezydent miasta Krakowa, Wojewoda Małopolski i Marszałek Województwa Małopolskiego.
W ramach tegorocznych DNI JANA PAWŁA II przewidziana jest sesja naukowa – „Wiara i Nauka”, panel dyskusyjny – Jan Paweł II między Galileuszem a Darwinem, warsztaty ze studentami w poszczególnych uczelniach Krakowa i Małopolski, konkurs literacki na temat Wiara i Nauka dla studentów z całej Polski na prace inspirowane myślą i twórczością Karola Wojtyły – Jana Pawła II. Odbędzie się szereg imprez o charakterze kulturalnym i artystycznym, jak koncerty muzyczne, wystawy, wieczór poezji, spektakl teatralny i inne. Wydane zostaną publikacje książkowe w specjalnie zainicjowanych seriach związanych z DNIAMI JANA PAWŁA II.